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加快打造原始創(chuàng)新策源地，加快突破關(guān)鍵核心技術(shù)，努力搶占科技制高點(diǎn)，為把我國(guó)建設(shè)成為世界科技強(qiáng)國(guó)作出新的更大的貢獻(xiàn)。

——習(xí)近平總書(shū)記在致中國(guó)科學(xué)院建院70周年賀信中作出的“兩加快一努力”重要指示要求

面向世界科技前沿、面向經(jīng)濟(jì)主戰(zhàn)場(chǎng)、面向國(guó)家重大需求、面向人民生命健康，率先實(shí)現(xiàn)科學(xué)技術(shù)跨越發(fā)展，率先建成國(guó)家創(chuàng)新人才高地，率先建成國(guó)家高水平科技智庫(kù)，率先建設(shè)國(guó)際一流科研機(jī)構(gòu)。

——中國(guó)科學(xué)院辦院方針

首頁(yè) > 科研進(jìn)展

新疆生地所解譯出真鹽生植物異子蓬全基因組

2019-09-18 新疆生態(tài)與地理研究所

【字體：大中小】

語(yǔ)音播報(bào)

　　異子蓬（Suaeda aralocaspica）是一年生真鹽生植物，主要分布于中亞，在中國(guó)僅產(chǎn)于新疆。異子蓬在耐鹽特性、光合作用和種子性狀等方面具有重要的研究?jī)r(jià)值。異子蓬能夠在表層土壤含鹽量超過(guò)10%的環(huán)境中正常生長(zhǎng)，種子萌發(fā)耐鹽性超過(guò)1000mmol/L NaCl。異子蓬的葉片、花被片和果實(shí)都能在單個(gè)細(xì)胞內(nèi)完成C₄光合作用，這與典型的具有花環(huán)結(jié)構(gòu)(Kranz)的C₄植物不同。另外，異子蓬能在同一果序的不同位置產(chǎn)生棕色和黑色兩種類型的種子。

　　2019年9月，中國(guó)科學(xué)院新疆生態(tài)與地理研究所研究員田長(zhǎng)彥團(tuán)隊(duì)完成了異子蓬全基因組的測(cè)序、組裝，成功繪制了異子蓬的全基因組草圖。這是目前世界上首個(gè)測(cè)序的真鹽生植物和單細(xì)胞C₄植物。組裝完成的異子蓬基因組大小約452Mb，占預(yù)估異子蓬基因組大小的96.8%。共組裝得到4033個(gè)scaffolds，scaffold N50為1.83Mb。結(jié)合MAKER注釋、同源蛋白序列注釋以及來(lái)自不同組織的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，該研究共注釋得到29604個(gè)蛋白編碼基因，1651個(gè)長(zhǎng)非編碼RNA，21個(gè) microRNA?；蚪M重復(fù)序列比例為38.41%，其中48.5%為LTR逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子。根據(jù)BUSCO分析，基因組完整性為89.5%。此外，該研究還構(gòu)建了全長(zhǎng)146654 bp的完整葉綠體基因組。

　　該研究獲得新疆維吾爾自治區(qū)重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃項(xiàng)目、國(guó)家自然科學(xué)基金和國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃的資助。以上研究成果以A draft genome assembly of halophyte Suaeda aralocaspica, a plant that performs C₄ photosynthesis within individual cells 為題發(fā)表于GigaScience。

論文鏈接

　　異子蓬（Suaeda aralocaspica）是一年生真鹽生植物，主要分布于中亞，在中國(guó)僅產(chǎn)于新疆。異子蓬在耐鹽特性、光合作用和種子性狀等方面具有重要的研究?jī)r(jià)值。異子蓬能夠在表層土壤含鹽量超過(guò)10%的環(huán)境中正常生長(zhǎng)，種子萌發(fā)耐鹽性超過(guò)1000mmol/L NaCl。異子蓬的葉片、花被片和果實(shí)都能在單個(gè)細(xì)胞內(nèi)完成C4光合作用，這與典型的具有花環(huán)結(jié)構(gòu)(Kranz)的C4植物不同。另外，異子蓬能在同一果序的不同位置產(chǎn)生棕色和黑色兩種類型的種子。
　　2019年9月，中國(guó)科學(xué)院新疆生態(tài)與地理研究所研究員田長(zhǎng)彥團(tuán)隊(duì)完成了異子蓬全基因組的測(cè)序、組裝，成功繪制了異子蓬的全基因組草圖。這是目前世界上首個(gè)測(cè)序的真鹽生植物和單細(xì)胞C4植物。組裝完成的異子蓬基因組大小約452Mb，占預(yù)估異子蓬基因組大小的96.8%。共組裝得到4033個(gè)scaffolds，scaffold N50為1.83Mb。結(jié)合MAKER注釋、同源蛋白序列注釋以及來(lái)自不同組織的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，該研究共注釋得到29604個(gè)蛋白編碼基因，1651個(gè)長(zhǎng)非編碼RNA，21個(gè) microRNA?；蚪M重復(fù)序列比例為38.41%，其中48.5%為L(zhǎng)TR逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子。根據(jù)BUSCO分析，基因組完整性為89.5%。此外，該研究還構(gòu)建了全長(zhǎng)146654 bp的完整葉綠體基因組。
　　該研究獲得新疆維吾爾自治區(qū)重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃項(xiàng)目、國(guó)家自然科學(xué)基金和國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃的資助。以上研究成果以A draft genome assembly of halophyte Suaeda aralocaspica, a plant that performs C4 photosynthesis within individual cells 為題發(fā)表于GigaScience。
　　論文鏈接
　　

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