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10月3日，中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所研究員張國慶與分子植物科學(xué)卓越創(chuàng)新中心周志華研究組合作，在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上在線發(fā)表了題為RDBSB: a database for catalytic bioparts with experimental evidence的研究論文。該研究構(gòu)建了面向合成生物學(xué)設(shè)計的催化元件數(shù)據(jù)庫RDBSB，構(gòu)建了催化元件在線查詢平臺（https://www.biosino.org/rdbsb），并研發(fā)了PathFinder工具。這一工具可以根據(jù)底物和目標(biāo)產(chǎn)物設(shè)計相應(yīng)的合成途徑，并能夠完整復(fù)現(xiàn)如晚期肝細胞癌的治療藥物淫羊藿素和棉鈴蟲性信息素的人工合成途徑設(shè)計過程。催化元件是設(shè)計、構(gòu)建和優(yōu)化特定代謝途徑乃至生命系統(tǒng)的基礎(chǔ)?？煽康?、經(jīng)過實驗驗證的催化元件數(shù)據(jù)庫對于設(shè)計和優(yōu)化生命系統(tǒng)至關(guān)重要。而現(xiàn)有的生物元件庫缺乏底盤、催化反應(yīng)最佳pH和溫度等對合成過程較為重要的信息。該研究在各種數(shù)據(jù)庫整合了390,708個催化元件，通過審編后得到83,193個有實驗驗證的催化元件，如大量的轉(zhuǎn)移酶、水解酶和氧化還原酶。其中，3200個催化元件包括最適催化反應(yīng)溫度、最適pH值等關(guān)鍵信息。這些催化元件大部分來源于細菌、后生動物和植物?；诖?，該團隊設(shè)計并構(gòu)建了合成生物學(xué)元件和數(shù)據(jù)庫RDBSB，在線提供了系統(tǒng)審編的定性和定量催化信息，如元件的活性、底物、催化反應(yīng)最佳pH值和溫度以及底盤特異性等關(guān)鍵參數(shù)。該數(shù)據(jù)庫提供了包括MapView、AlphaFold、PVQD和PathFinder等在內(nèi)的在線元件和途徑設(shè)計工具。通過RDBSB，用戶可以在線搜索并查閱催化元件詳細的定性和定量信息及其對應(yīng)的參考文獻，并可以提交新的催化元件，實現(xiàn)數(shù)據(jù)的快速共享與利用。截至目前，RDBSB已為一千多個催化元件共享提供了支撐。該數(shù)據(jù)庫將豐富合成生物學(xué)途徑設(shè)計的可用資源，為科研人員提供必要工具。研究工作得到國家重點研發(fā)計劃和中國科學(xué)院戰(zhàn)略生物資源服務(wù)網(wǎng)絡(luò)計劃等的支持。論文鏈接RDBSB數(shù)據(jù)概況RDBSB在線分析和設(shè)計功能