——習(xí)近平總書記在致中國(guó)科學(xué)院建院70周年賀信中作出的“兩加快一努力”重要指示要求
——中國(guó)科學(xué)院辦院方針
語音播報(bào)
9月7日,北京大學(xué)、中國(guó)科學(xué)院上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所(中科院-馬普學(xué)會(huì)計(jì)算生物學(xué)伙伴研究所)研究員韓敬東研究組與上海交通大學(xué)附屬第一人民醫(yī)院臨床研究院教授周永研究組合作,在Nature Metabolism上發(fā)表題為Three-dimensional facial-image analysis to predict heterogeneity of the human ageing rate and the impact of lifestyle的研究論文。
衰老是眾多疾病的風(fēng)險(xiǎn)因素,衰老研究的目的是更健康的晚年生活?,F(xiàn)有的衰老研究大多基于壽命而非衰老本身,但衰老與壽命不能等同,相同年齡的個(gè)體,其實(shí)際生理年齡存在差異。系統(tǒng)定量的衰老速率模型,又稱為衰老時(shí)鐘,用來計(jì)算生物年齡,并用生物年齡與實(shí)際年齡的差值作為衰老速率,量化個(gè)體間衰老程度的差異。
實(shí)際操作中,由于生理年齡金標(biāo)準(zhǔn)的缺失,往往用實(shí)際年齡代替生物年齡訓(xùn)練時(shí)鐘模型,據(jù)此定義離群值,并用其他的生理或分子參數(shù)作為佐證。如使用人外周血單核細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組芯片數(shù)據(jù)預(yù)測(cè)人的年齡,得到的實(shí)際年齡與預(yù)測(cè)年齡之間的誤差為7.8歲(Peters et al., 2015),而使用人全血全基因組甲基化芯片數(shù)據(jù)(基于Illumina 27K芯片)得到的誤差為4.9歲(Hannum et al., 2013)。利用以上方式都需要血液細(xì)胞,測(cè)量的侵入性和高費(fèi)用使其難以應(yīng)用于大規(guī)模篩選或常規(guī)體檢,限制了生理年齡測(cè)量在老齡化時(shí)代的推廣應(yīng)用。2015年,韓敬東研究組發(fā)表基于三維面部圖像預(yù)測(cè)年齡的方法,該技術(shù)當(dāng)時(shí)的誤差為6.2歲(Chen et al., 2015),與其它衰老時(shí)鐘相比具有無創(chuàng)、廉價(jià)的優(yōu)勢(shì),因而可以大規(guī)模的快速收集數(shù)據(jù),建立更為準(zhǔn)確的人工智能模型。
在三維面部圖像預(yù)測(cè)年齡方法的基礎(chǔ)上,此次研究在近五千人的三維面部圖像上訓(xùn)練深度學(xué)習(xí)模型,這一非線性年齡預(yù)測(cè)模型與實(shí)際年齡或目測(cè)年齡誤差僅為2.79/2.90歲。目測(cè)年齡是生物年齡的衡量標(biāo)準(zhǔn)之一,目測(cè)年齡預(yù)測(cè)模型的建立可實(shí)現(xiàn)通過人工智能學(xué)習(xí)人類鑒定生物年齡的過程,而不用預(yù)測(cè)年齡與實(shí)際年齡的差值估測(cè)生物年齡,從而規(guī)避把預(yù)測(cè)誤差當(dāng)作衰老速率的假設(shè)。通過這一模型,研究發(fā)現(xiàn)個(gè)體衰老速率的異質(zhì)性在中年時(shí)期達(dá)到峰值,并通過280個(gè)外周血單核細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序樣本,發(fā)現(xiàn)與衰老速率最為相關(guān)的生物學(xué)過程與細(xì)胞類型。
該研究綜合轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)、三維面部數(shù)據(jù)和生活方式調(diào)查數(shù)據(jù),為研究人員利用因果推斷找到將三者維系起來的分子中介提供機(jī)會(huì)。研究發(fā)現(xiàn)吸煙與衰老速率呈正相關(guān),其中介分子是SEMA6B、GRN等細(xì)胞因子,其他不良的生活習(xí)慣如酗酒、食用腌制類食品等,與衰老速率呈正相關(guān)。相反,食用酸奶、咖啡、水果、雞、豆類等以及按時(shí)吃飯與衰老速率呈負(fù)相關(guān)關(guān)系,中介分子包括組蛋白乙酰化酶復(fù)合體蛋白ZZZ3的升高、SEMA6B和SMAD1等的降低。
該研究的可視化結(jié)果存儲(chǔ)在人類血液基因表達(dá)與三維面部圖像的關(guān)聯(lián)(human blood gene expression-3D facial image association, HuB-FI)數(shù)據(jù)庫(https://www.picb.ac.cn/hanlab/hub-fi)中。韓敬東研究組博士夏嫻與陳興委為論文共同第一作者,韓敬東與周永為論文通訊作者,并得到Carlo Vittorio Cannistraci等的幫助。研究工作獲得科技部、基金委及上海市科學(xué)技術(shù)委員會(huì)的支持。
人工智能可以學(xué)習(xí)人類目測(cè)人臉估測(cè)年齡的過程,準(zhǔn)確預(yù)測(cè)面部生理衰老速率,并檢測(cè)生活方式的影響(李家馨創(chuàng)作)
因果推斷從生活方式到衰老速率之間的分子中介
HuB-FI數(shù)據(jù)庫
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