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加快打造原始創(chuàng)新策源地，加快突破關(guān)鍵核心技術(shù)，努力搶占科技制高點(diǎn)，為把我國(guó)建設(shè)成為世界科技強(qiáng)國(guó)作出新的更大的貢獻(xiàn)。

——習(xí)近平總書(shū)記在致中國(guó)科學(xué)院建院70周年賀信中作出的“兩加快一努力”重要指示要求

面向世界科技前沿、面向經(jīng)濟(jì)主戰(zhàn)場(chǎng)、面向國(guó)家重大需求、面向人民生命健康，率先實(shí)現(xiàn)科學(xué)技術(shù)跨越發(fā)展，率先建成國(guó)家創(chuàng)新人才高地，率先建成國(guó)家高水平科技智庫(kù)，率先建設(shè)國(guó)際一流科研機(jī)構(gòu)。

——中國(guó)科學(xué)院辦院方針

首頁(yè) > 科研進(jìn)展

科學(xué)家發(fā)表非編碼RNA相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)NPInter v4.0

2019-11-05 生物物理研究所

【字體：大中小】

語(yǔ)音播報(bào)

　　10月31日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在線發(fā)表了中國(guó)科學(xué)院生物物理研究所健康大數(shù)據(jù)研究中心題目為NPInter v4.0: An integrated database of ncRNA interactions 的論文，發(fā)布了最新版的NPInter（NPInter v4.0)。該數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)地收錄了絕大多數(shù)種類非編碼RNA的相互作用，并對(duì)相互作用以及相關(guān)分子進(jìn)行了詳細(xì)的注釋以及可視化，提供了一個(gè)全面、系統(tǒng)的非編碼RNA相互作用的研究平臺(tái)。

　　中科院院士陳潤(rùn)生課題組于2006年發(fā)布了NPInter數(shù)據(jù)庫(kù)的第一個(gè)版本（Nucleic Acids Research），在過(guò)去的十多年中，該數(shù)據(jù)庫(kù)一直獲得業(yè)內(nèi)的廣泛認(rèn)可，被RNAcentral收錄為專家數(shù)據(jù)庫(kù)。迄今為止，已經(jīng)更新過(guò)三個(gè)版本。此次的v4.0更新，整合了近幾年來(lái)發(fā)表的非編碼RNA相互作用文獻(xiàn)以及高通量RNA相互作用測(cè)序數(shù)據(jù)，環(huán)狀RNA（circRNA）的相互作用和ChIRP-seq獲得的非編碼RNA-基因組的相互作用首次被收錄進(jìn)來(lái)?？倲?shù)據(jù)量上升到11萬(wàn)條，涵蓋了35個(gè)物種。相互作用以及作用分子還增加了疾病注釋，旨在幫助研究者更好地理解相互作用的功能。除了整合數(shù)據(jù)之外，整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的網(wǎng)站也進(jìn)行了重新構(gòu)建，提高了原有搜索模塊的易用性，并增加了很多新的功能性模塊如biocircos.js。網(wǎng)站收錄整理了大量具有特定功能的基因集合，并提供了基于這些基因集合的個(gè)性化搜索。所有的相互作用數(shù)據(jù)都可以在（http://bigdata.ibp.ac.cn/npinter4/download/）進(jìn)行下載。

　　陳潤(rùn)生、研究員何順民以及中科院計(jì)算技術(shù)研究所研究員趙屹為論文共同通訊作者。生物物理所健康大數(shù)據(jù)研究中心滕學(xué)奕、陳曉敏和薛花為論文并列第一作者。該文章獲得國(guó)家自然科學(xué)基金[31701117, 31970647]、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)項(xiàng)目[2016YFC0901702, 2017YFC0907503]的資助。

　　文章鏈接

　　非編碼RNA對(duì)生物分子的調(diào)控作用，一直是RNA功能研究的前沿。在以往的研究中，非編碼RNA被發(fā)現(xiàn)可以和蛋白質(zhì)、RNA以及基因組相互作用，調(diào)控復(fù)雜生物過(guò)程。比如經(jīng)典的長(zhǎng)非編碼RNA Xist可以和X染色體相互作用并影響劑量補(bǔ)償效應(yīng)。理解非編碼RNA和生物分子的相互作用對(duì)于研究非編碼RNA的功能以及生物分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建是非常重要的。
　　10月31日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在線發(fā)表了中國(guó)科學(xué)院生物物理研究所健康大數(shù)據(jù)研究中心題目為NPInter v4.0: An integrated database of ncRNA interactions 的論文，發(fā)布了最新版的NPInter（NPInter v4.0)。該數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)地收錄了絕大多數(shù)種類非編碼RNA的相互作用，并對(duì)相互作用以及相關(guān)分子進(jìn)行了詳細(xì)的注釋以及可視化，提供了一個(gè)全面、系統(tǒng)的非編碼RNA相互作用的研究平臺(tái)。
　　中科院院士陳潤(rùn)生課題組于2006年發(fā)布了NPInter數(shù)據(jù)庫(kù)的第一個(gè)版本（Nucleic Acids Research），在過(guò)去的十多年中，該數(shù)據(jù)庫(kù)一直獲得業(yè)內(nèi)的廣泛認(rèn)可，被RNAcentral收錄為專家數(shù)據(jù)庫(kù)。迄今為止，已經(jīng)更新過(guò)三個(gè)版本。此次的v4.0更新，整合了近幾年來(lái)發(fā)表的非編碼RNA相互作用文獻(xiàn)以及高通量RNA相互作用測(cè)序數(shù)據(jù)，環(huán)狀RNA（circRNA）的相互作用和ChIRP-seq獲得的非編碼RNA-基因組的相互作用首次被收錄進(jìn)來(lái)。總數(shù)據(jù)量上升到11萬(wàn)條，涵蓋了35個(gè)物種。相互作用以及作用分子還增加了疾病注釋，旨在幫助研究者更好地理解相互作用的功能。除了整合數(shù)據(jù)之外，整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的網(wǎng)站也進(jìn)行了重新構(gòu)建，提高了原有搜索模塊的易用性，并增加了很多新的功能性模塊如biocircos.js。網(wǎng)站收錄整理了大量具有特定功能的基因集合，并提供了基于這些基因集合的個(gè)性化搜索。所有的相互作用數(shù)據(jù)都可以在（http://bigdata.ibp.ac.cn/npinter4/download/）進(jìn)行下載。
　　陳潤(rùn)生、研究員何順民以及中科院計(jì)算技術(shù)研究所研究員趙屹為論文共同通訊作者。生物物理所健康大數(shù)據(jù)研究中心滕學(xué)奕、陳曉敏和薛花為論文并列第一作者。該文章獲得國(guó)家自然科學(xué)基金[31701117, 31970647]、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)項(xiàng)目[2016YFC0901702, 2017YFC0907503]的資助。
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