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加快打造原始創(chuàng)新策源地，加快突破關(guān)鍵核心技術(shù)，努力搶占科技制高點，為把我國建設(shè)成為世界科技強國作出新的更大的貢獻。

——習(xí)近平總書記在致中國科學(xué)院建院70周年賀信中作出的“兩加快一努力”重要指示要求

面向世界科技前沿、面向經(jīng)濟主戰(zhàn)場、面向國家重大需求、面向人民生命健康，率先實現(xiàn)科學(xué)技術(shù)跨越發(fā)展，率先建成國家創(chuàng)新人才高地，率先建成國家高水平科技智庫，率先建設(shè)國際一流科研機構(gòu)。

——中國科學(xué)院辦院方針

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【中國科學(xué)報】新工具顯著提高肽段質(zhì)譜鑒定率

2018-10-09 中國科學(xué)報程唯珈

【字體：大中小】

語音播報

　　質(zhì)譜數(shù)據(jù)的低解析率直接影響著肽段和蛋白質(zhì)鑒定數(shù)目和鑒定精度的提高。質(zhì)譜數(shù)據(jù)解析率一直較低，是由于質(zhì)譜數(shù)據(jù)中通常有大量存在意外修飾或發(fā)生意外酶切的肽段，傳統(tǒng)的限定式搜索因搜索空間有限，通常無法對上述肽段進行有效檢索。

　　新一代開放式搜索引擎Open-pFind采用基于序列標(biāo)簽索引的開放式搜索流程，快速掃描蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫并對部分高質(zhì)量譜圖進行鑒定。在此過程中，意外修飾、突變、半特異及非特異性酶切肽段均在引擎的搜索空間內(nèi)。Open-pFind通過基于支持向量機的肽譜匹配重打分算法，挖掘數(shù)據(jù)中的特征信息，并據(jù)此進行第二次精細搜索。同時，Open-pFind集成了前端數(shù)據(jù)處理的pParse模塊，對肽段母離子進行校準(zhǔn)，并有效提取混合譜圖，進一步提升了譜圖解析率。

　　在四組典型質(zhì)譜數(shù)據(jù)集上，Open-pFind解析率均達到了70%~85%，比同類軟件鑒定結(jié)果多出50.5%~117.0%。對于高質(zhì)量的串聯(lián)質(zhì)譜圖，Open-pFind甚至基本實現(xiàn)了完全解析。在搜索空間是常規(guī)引擎5個量級的基礎(chǔ)上，Open-pFind的速度仍然是常規(guī)引擎的2~3倍，是同類開放式引擎的數(shù)十倍甚至上百倍。在超大規(guī)模人類蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)集上，Open-pFind報告了超過12000種蛋白，且準(zhǔn)確度遠遠超過以往常規(guī)分析結(jié)果。

　　相關(guān)論文信息：https://doi.org/10.1038/nbt.4236

　　（原載于《中國科學(xué)報》 2018-10-09 第1版要聞)

　　中國科學(xué)院計算技術(shù)研究所研究員賀思敏及其研究團隊設(shè)計和實現(xiàn)了新一代開放式搜索算法Open-pFind，可提高質(zhì)譜數(shù)據(jù)解析的數(shù)量與質(zhì)量，有望成為蛋白質(zhì)組學(xué)日常數(shù)據(jù)分析的主力工具。相關(guān)成果10月9日在線發(fā)表于《自然—生物技術(shù)》。
　　質(zhì)譜數(shù)據(jù)的低解析率直接影響著肽段和蛋白質(zhì)鑒定數(shù)目和鑒定精度的提高。質(zhì)譜數(shù)據(jù)解析率一直較低，是由于質(zhì)譜數(shù)據(jù)中通常有大量存在意外修飾或發(fā)生意外酶切的肽段，傳統(tǒng)的限定式搜索因搜索空間有限，通常無法對上述肽段進行有效檢索。
　　新一代開放式搜索引擎Open-pFind采用基于序列標(biāo)簽索引的開放式搜索流程，快速掃描蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫并對部分高質(zhì)量譜圖進行鑒定。在此過程中，意外修飾、突變、半特異及非特異性酶切肽段均在引擎的搜索空間內(nèi)。Open-pFind通過基于支持向量機的肽譜匹配重打分算法，挖掘數(shù)據(jù)中的特征信息，并據(jù)此進行第二次精細搜索。同時，Open-pFind集成了前端數(shù)據(jù)處理的pParse模塊，對肽段母離子進行校準(zhǔn)，并有效提取混合譜圖，進一步提升了譜圖解析率。
　　在四組典型質(zhì)譜數(shù)據(jù)集上，Open-pFind解析率均達到了70%~85%，比同類軟件鑒定結(jié)果多出50.5%~117.0%。對于高質(zhì)量的串聯(lián)質(zhì)譜圖，Open-pFind甚至基本實現(xiàn)了完全解析。在搜索空間是常規(guī)引擎5個量級的基礎(chǔ)上，Open-pFind的速度仍然是常規(guī)引擎的2~3倍，是同類開放式引擎的數(shù)十倍甚至上百倍。在超大規(guī)模人類蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)集上，Open-pFind報告了超過12000種蛋白，且準(zhǔn)確度遠遠超過以往常規(guī)分析結(jié)果。
　　相關(guān)論文信息：https://doi.org/10.1038/nbt.4236
　　（原載于《中國科學(xué)報》 2018-10-09 第1版要聞)

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